Muhu valla maismaa territooriumist on looduskaitse all ca 42,5 km2 (20 %). Muhu vallas looduskaitseseaduse alusel siseriikliku ja kohaliku kaitse all olevad kaitstavad loodusobjektid kuuluvad enamasti ka üle-euroopalisse Natura 2000 võrgustikku.
Looduskaitseseaduse alusel kaitstavad loodusobjektid on:
- kaitsealad,
- hoiualad,
- kaitsealused liigid ja kivistised,
- püsielupaigad,
- kaitstavad looduse üksikobjektid või
- kohaliku omavalitsuse tasandil kaitstavad loodusobjektid.
Muhu valla territooriumil asub 8 kaitseala:
8 hoiuala Muhu valla territooriumil on:
Lisaks on valla territooriumil hulgaliselt kaitstavate liikide leiukohti (ca 40 erinevat liiki), 13 kaitsealuse liigi püsielupaika ja 2 kaitstavat looduse üksikobjekti.
Kohaliku kaitse all on kolm objekti: